试试sample函数抽取列和行号，再从data.frame中取数既可

引用数据框元素的方法与引用矩阵元素的方法相同,
可以使用下标或下标向量,也可以使用名字或名字向量.
这儿按名字举例:
令A为你所说得数据框 N*N的,m<n

[此贴子已经被作者于2008-6-21 0:25:13编辑过]

# Suppose the correlation matrix is A

dim<-dim(A)

sample.row<-sample(seq(1,dim[1]),m,replace=F)

sample.col<-sample(seq(1,dim[2]),m,replace=F)

sample.matrix<-A[sample.row,sample.col]

感谢两位的帮助，我深深的学习了，也找到了解决问题的方法；

两位的结果都是一样的，但都忽略了一个问题，就是所得的结果不是m个对象之间的关系矩阵，即对称的方阵，该方阵对角线上的元素值是一样的，如果是距离矩阵的话，那么对角线上面的元素的值都是0，因为自己跟自己的关系，如果是距离关系的话，就应该是0，如果是相似度矩阵的话，对角线上的元素都是1，自己跟自己的相似度为100%。

所以取的m个行标签（下标向量或者名字向量）跟m个列标签是一样的，并且顺序也应该一样，例如行标签是(2 3 5 7),列标签也应该是（2 3 5 7），这里我用的是下标向量而不是名字向量， 考虑到行标签和列标签都是一样的，表示的是n个对象名，所以随机取的行标签就应该是列标签，所以代码大致如下：（我是二楼的朋友的代码改的）

col.name=colnames(A) 
sam.col.name=sample(col.name,m,replace=F)
B=A[sam.col.name,sam.col.name]

没太明白二楼的这句

attach(A) #为了方便数据框数据调用，

有什么用？没用它也可以，查了哈资料，大致了解跟什么内存中的搜索路径绑定有关， 从而简化了访问