我还没看楼主所举的两篇文章例子，但针对我看过的英文文献来回答楼主的疑问。一般投入导向DEA模型会计算所有投入变量(能源、劳动力、资本)同时减少的最适比例，也就是投入导向的效率值，但是这个效率值是不能解释为能源效率。文献上能够接受的DEA能源效率值作法有两种，第一是Hu and Wang (2006) Total-factor energy efficiency of regions in China，从冗余量的角度去计算总要素能源效率。第二是Zhou and Ang (2008) Linear programming models for measuring economy-wide energy efficiency performance，只针对能源投入调整(不调整劳动力、资本)，这样的效率值也称作能源效率。
提供楼主参考

这是一个好问题。
DEA据我所知并非一种计量经济学方法，它是一种纯粹的运筹学方法，利用某种算法表明输入数据的效率。因此，它并不能规定哪个变量起到主导作用，也不能假定哪个变量是产出结果，所以，所有关于DEA得出来的效率分析，根本上都是论文写作者的假设——他们还需要进一步假设这些投入产出是线性的，因为最传统的DEA只能用于线性效率评估。
如果你要找适合经济学的，我觉得还是用TFP吧。