到了1997年，SEC的委托处理规则（OrderHandle Rule）出台实施，意味着投资者的交易可以和做市商的报价同台竞争，做市商的“生存空间”被大大压缩，而且催生了众多新型电子交易平台（Electronic Communication Network，ECN）。其中以IslandECN为代表的一系列速度和技术俱佳的电子平台大量涌现，其对美国股市的交易结构产生巨大影响。通过ECN、NYSE、NASDAQ的做市商们再也盖不住散户的单子了，中小散户的订单能够迅速被整个市场所看到，这就导致做市商很可能得不到最利己的价格成交。低廉的交易成本和越来越快的交易速度席卷美国市场，ECN对交易量增长的滚雪球效应显现，客户也从初期的日内交易者迅速蔓延至机构投资者中。

“当时ECN的势头发展之快，不仅对NYSE、NASDAQ产生了强烈冲击，也对华尔街大投行的机构投资者服务形成挑战。”柳峰告诉记者，当时不过短短几年光景，两家大交易所的市场统治地位就几乎不保。出于被逼无奈也是为了顺应电子化交易潮流，NASDAQ收购了Instinet公司（Island ECN已被Instinet并购）和BRUT ECN，并将原来Island ECN 的交易平台作为主要基础平台；NYSE则收购了ARCA ECN (ARCA此前合并了STRIKE ECN 和REDI)。“在完成对一系列ECN的并购整合后，表面上似乎又回到了NYSE与NASDAQ两分天下的格局，但整个市场的基础——成交撮合方式已经脱胎换骨了。”柳峰说。

有统计数据显示，2000年后的最初几年，高频交易占美国股票市场交易量不过10%左右。SEC在2009年公布的数据表明，美国股票市场上高频交易的日均交易量占总日均交易量的50%以上。根据市场研究机构TABB Group的数据，2005—2009年，美国股票市场中高频交易量所占份额已经从21%猛增到2009年的61%。而在期货市场中，2009年芝加哥商业交易所(CME)的公开资料显示，期货市场交易超过一半以上属于高频交易。另据电子经纪商系统(Electronic Broking System,EBS)统计，外汇市场上根据币种的不同，高频交易占比在60%-80%。

作为传统卖方的华尔街大投行也在积极调整应对。在ECN的低成本竞争压力下，大投行们也被迫降低对机构客户的经纪业务成本，提升效率和附加值。在此背景下，算法交易开始流行起来。而且随着时间的推移，算法也从初期简单、粗放逐渐变得越来越智能化，应用越来越复杂，功能也越来越强大。瑞信银行的AES（Advanced Execution System）就是当时交易算法系统中的佼佼者。

“市场结构和交易机制的急剧变化，使得原来的日内交易员，以及传统的场内交易员也在寻求转型。”柳峰告诉记着，随着网络泡沫的破灭以及市场开始实施百分位报价改革，交易的买卖价差缩减，日内交易的盈利也大不如前，多数日内交易员和日内交易公司退出了。但也有小部分日内交易公司留下来，开始利用计算机程序来实现日内交易。这些公司最早的交易策略，基本上是用电脑做原来手工做的日内交易。其中，一些类似于市场做市商的交易策略，引起了这些公司的关注，其原因不外乎这些策略风险小，所需资金不多，投入产出比较合算。

市场监管政策的改革松绑以及计算机、通讯技术进步的双重作用下，高频交易在美国资本市场迅速开花结果，从股票市场延伸到了期货、期权、外汇、债券等多样化市场；而高频交易也开枝散叶，从美国市场拓展到了欧洲、亚洲乃至全球市场。