不需要用dir()的。

library(Biobase)
library(BiocGenerics)
library(affy)
library(limma)
filename = list.files("CCLEpaxOVrna")
data<-ReadAffy(./CCLEpaxOVrna/1.CEL")
for (i in 2:length(filename){ newdata <-ReadAffy（filenames=filename)}
df<-merge(data,newdata)
mode(df)
aaa<-rma(df)
aa2<-exprs(aaa)
head(aa2)

design <- model.matrix(~ -1+factor(c(1,1,1, 2,2,2)))
colnames(design) <- c("control", "LPS")
fit <- lmFit(eset2, design)
contrast.matrix <- makeContrasts(control-LPS, levels=design)
fit <- eBayes(fit)
fit2 <- contrasts.fit(fit, contrast.matrix)
fit2 <- eBayes(fit2)
results<-decideTests(fit2, method="global", adjust.method="BH", p.value=0.01, lfc=1.5)
summary(results)

大神，这个是我用的代码，可还是不对呀。电脑卡了一下午，

这个里面有什么？
可以展示一下否？
记得，刚开始学的时候，要体会每一步代码的具体功能，能实现什么，照抄别人的代码，不思考，永远也成长不了。

CCLEpaxOVrna这个是我在CCLE上下载的肿瘤细胞的数据，全是cel格式的文件。整个代码运行以后的结果是这样的。ename = list.files("CCLEpaxOVrna")
> filename
[1] "1.CEL"  "10.CEL" "11.CEL" "12.CEL" "13.CEL" "14.CEL" "15.CEL" "16.CEL"
[9] "17.CEL" "18.CEL" "19.CEL" "2.CEL"  "20.CEL" "21.CEL" "22.CEL" "23.CEL"
[17] "24.CEL" "25.CEL" "26.CEL" "27.CEL" "3.CEL"  "4.CEL"  "5.CEL"  "6.CEL"
[25] "7.CEL"  "8.CEL"  "9.CEL"

少引号。
换成：

大神，不好意思，昨天电脑坏了，送去升级了，今天才看到。以下是我改进的代码，然并卵。读出来的数据不对呀，我明明有27个数据，为啥只有两个出结果了？
filename = list.files("CCLEpaxOVrna")
filename[1]
data = ReadAffy(filenames=filename[1] )
for (i in 2:length(filename)){ new.data = ReadAffy(filenames = filename)}
df = merge(data,new.data)
aaa<-rma(df)
aa2<-exprs(aaa)
head(aa2)