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2017-08-18

问题如上,我已经成功加载了rJava,调用bioconducotr里面的一些包的时候出现如下内容:

> source('http://bioconductor.org/biocLite.R')

Bioconductor version 3.5 (BiocInstaller 1.26.0), ?biocLite for help

> biocLite("affyPLM")

BioC_mirror: https://bioconductor.org

Using Bioconductor 3.5 (BiocInstaller 1.26.0), R 3.4.1 (2017-06-30).

Installing package(s) ‘affyPLM’

试开URL’https://bioconductor.org/packages/3.5/bioc/bin/windows/contrib/3.4/affyPLM_1.52.1.zip'

Content type 'application/zip' length 5313815 bytes (5.1 MB)

downloaded 5.1 MB

package ‘affyPLM’ successfully unpacked and MD5 sums checked

The downloaded binary packages are in

        C:\Users\Administrator\AppData\Local\Temp\RtmpK6xOhd\downloaded_packages

Old packages: 'httr', 'Matrix'

Update all/some/none? [a/s/n]: a

  There are binary versions available but the source versions are

  later:

       binary source needs_compilation

httr    1.2.1  1.3.0             FALSE

Matrix 1.2-10 1.2-11              TRUE

  Binaries will be installed

试开URL’https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.4/Matrix_1.2-10.zip'

Content type 'application/zip' length 2841445 bytes (2.7 MB)

downloaded 2.7 MB

package ‘Matrix’ successfully unpacked and MD5 sums checked

The downloaded binary packages are in

        C:\Users\Administrator\AppData\Local\Temp\RtmpK6xOhd\downloaded_packages

installing the source package ‘httr’

试开URL’https://cran.rstudio.com/src/contrib/httr_1.3.0.tar.gz'

Content type 'application/x-gzip' length 147567 bytes (144 KB)

downloaded 144 KB

'C:\Program' 不是内部或外部命令,也不是可运行的程序

或批处理文件。

The downloaded source packages are in

        ‘C:\Users\Administrator\AppData\Local\Temp\RtmpK6xOhd\downloaded_packages’

Warning messages:

1: 运行命令'"C:/Program Files/R/R-3.4.1/bin/x64/R" CMD INSTALL -l "C:\Program Files\R\R-3.4.1\library" C:\Users\Administrator\AppData\Local\Temp\RtmpK6xOhd/downloaded_packages/httr_1.3.0.tar.gz'的状态是1

2: In install.packages(update[instlib == l, "Package"], l, repos = repos,  :

  installation of package ‘httr’ had non-zero exit status

后来试过其他一些包,凡是tar的都不能加载,其他都是正常的,rJava也能加载,求助!!
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2017-8-18 15:17:35
tar.gz是在Linux下的R的包windows下下载zip包
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2017-8-18 18:25:41
jiandong4388 发表于 2017-8-18 15:17
tar.gz是在Linux下的R的包windows下下载zip包
您好,那么如果bioconductor官网上只能查到tar.gz的包而没有zip是不是意味着windows系统里就没法安装了啊?
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2017-8-18 19:31:20
那么如果bioconductor官网上没有zip包的话,是不是就无法安装了,我试过把tar.gz解压缩后再次压缩为zip包,这样行不通,有其他方法吗?
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2017-8-19 20:10:19
哪位大神帮忙解答一下,难道我要装linux系统才能好好的用bioconductor吗?
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2017-8-19 23:55:47
需要安装Rtools才能在windows下编译、安装源码包。
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