写在前面

第一次使用conada是九月份，那是看了一个公众号的推荐帖子，那时我尝试安装了miniconda，使用和安装软件都非常简单,那会安装的使miniconda，里面的软件相对少些，试用的时候觉得下载速度不行，就没一直用了。今天在学习的过程中用anaconda安装了几个软件，感觉还可以。

对于生物专业的人来说，学习生物信息，第一个门槛应该就是Linux，而Linux中最容易出错的就是软件安装了。尤其是不能联网、没有root权限的苦逼状态下。conda像windows下的软件管家、Mac下的APP Store一样，一键安装生信软件。

安装和使用

anaconda官网：https://www.continuum.io/downloads#linux

• 安装ETE
  ETE官网：http://etetoolkit.org/download/

  
  

# Install Minconda  (you can ignore this step if you already have Anaconda/Miniconda)

wget https://repo.continuum.io/archive/Anaconda2-4.2.0-Linux-x86_64.sh

bash Anaconda2-4.2.0-Linux-x86_64.sh

# 将~/anaconda/bin添加到环境变量中

# Install ETE

conda install -c etetoolkit ete3 ete3_external_apps

# Check installation

ete3 version

ete3 build check

# 遇到的问题及解决办法：

# 显示conda error: could not found url

find . -name ".condarc"

vi .condarc # 将里面的内容都删了（是不是太粗暴了，呵呵）。

• 安装QIIME

  
  

conda create -n qiime1 python=2.7 qiime matplotlib=1.4.3 mock nose -c bioconda

source activate qiime1

print_qiime_config.py -t

source activate qiime1

source deactivate

conda remove --name qiime1 --all