个人认为新经济地理学的不足有:
1、大多数模型不能求出解析解，必须借助计算机进行数值模拟，因而相对复杂（特别是为了简化表达式，不断采用符号替代，显得很复杂），影响其进一步的结论与政策分析。
2、基本模型离现实相对较远，影响其应用性。现在的发展虽使基本假设更加现实，但又面临更加复杂化的困境。因而，这个学科的门槛较高，被普遍接受需要较长的时间。
3、基本模型严重依赖DCI框架，现虽发展了OTT框架，但仍然需要进一步拓展。
4、动态化发展与现代宏观经济学的融合以及知识创新的引入（藤田，2006）是其进一步发展的方向，但难度不小，需要高超的建模技巧。
当然，可能还有其他不足，以上只是个人见解，欢迎讨论。

关于楼上兄所认为的不足：
1、NEG中数值模拟的情况很多，主要与其很多方程为隐性方程有关，对于数值模拟不能完全说就不好。可能比较烦，但是如果掌握的好的话还是比较容易判断相关结果的。逻辑性要强，观察能力要强。
2、无论是新古典还NEG，基本模型都是很简单的，离现实很远。国际经济学中传统贸易理论的研究也是简单的2*2*2MODEL,NEG目前还没有完全拓展。NEG所得的很多结论与现实更为接近。
3、DCI和OTT是沿着两条不同的路径发展的，尽管后者在结论中得到很多C-P中得出的诸如HME等结论，但后者有其独特的分析框架和结论。目前发展看不出有何进展。
4、动态化应该是未来的一个方向，本人最近在做一个拓展，由于很多问题需要重新考虑，因而难度很大。
有兴趣可以一起探讨