如果CPU利用率低，而计算慢的话，说明你的程序处理的数据量并不大，但是处理流程很复杂，里面肯定涉及了很多的类似于for循环的语句，使得程序的时间复杂度一下子就上去了。看了下面你的补充回答，好像和多核处理并行计算没关系的。
虽然最新版的matlab支持这种运行方式，但感觉你似乎还用不到这么做。建议你还是优化一下你的算法。尽量减少for循环的次数，对于矩阵和向量运算，直接可以采用matlab现有的运算方法。