对于第一个问题：想要检验任意一个时间点的任意一组的该指标与另一个时间点的任意一组的该指标的比较，需要用单组的重复测量检验，如果得到有差异的结果，可以继续做LSD，等等检验，主要看是否方差齐性而选择不同的多重比较方法。你做t检验是完全错误的方法。但是如果你想要比较同一时间点，两组间该指标的在两组间是否不同，倒是可以使用两独立样本的t检验。
问题二：对于所谓的时间协变量问题，到真的没有这样思考过，重复测量的数据，是指每一实验单位至少接受两次以上的不同处理，或接受相同处理后，至少在两个以上不同时间点进行测量。你的手术是一个处理因素，不是协变量因素。如果你要分析协变量因素的话，倒是手术前的两组各自的指标变量值可以做为协变量。但是一般来说，两组手术前的变量应该是需要无差异的。
不知道以上我的回答是否能够解决你的问题。

我还有几个问题：
一、如果我要比较A组的时间点一的结果与B组的时间点二的结果，应该使用什么方法？如果使用t检验，是否存在增大一型错误的情况？
二、如果我有十个工人，我要比较工前，工中，工后，三个时间点工人的血糖含量，是采用随机区组设计分析还是使用重复测量设计分析？晕的不行，请指点一二。

楼上你都不先感谢人家。。。