执行国家赋予应对突发事件的任务是我军新时期的重要使命。近年来，军队与各级政府深入探索建立应对自然灾害、事故灾难、公共卫生和社会安全等突发事件应急指挥机制，勇于承担并积极完成抢险救灾等急难险重任务，有力地保障了人民生命财产安全和经济社会化发展成果。但从科学发展的角度看，仍存在不少改进之处，有待认真加以研究和解决。　　一是军地协调待沟通。根据国家相关法律规定，各级政府均己由军地有关负责人组成的应急指挥机构，主要担负信息共享、协调组织应对和联合出动三个层面的职能。但因其法律职责仅局限于统一领导、协调本级人民政府各有关部门和下级人民政府开展突发事件应对工作，在协调联动时往往受部队动用权限、与军队系统沟通以及信息共享机制、内容和手段等方面影响，难以充分发挥军队在应对突发事件中的主力军作用。
　　二是相关制度待完善。目前，军队应对突发事件主要依据《国防动员法》、《突发事件应对法》、《军队参加抢险救灾条例》、《关于建立健全军队处置突发事件应急指挥机制的意见》等法律条例，但随着部队职能任务的拓展，用兵频度越来越高，涉法越来越强，政治影响越来越大，上述法律法规对军队参加突发事件处置的原则、目标、任务、人员以及训练等，宏观上规范多，可操作性规定少，甚至很多方面没有法律定位和无法可依。
　　三是应急体系有待加强。从当前情况看，军地联动应急指挥保障体系距实践要求还有较大差距。军地情况通报、联席会议、需求对接、应急预警等长效机制尚未全面建立，各系统各要素建设相对独立，还没有完全通过体系合成和信息融合连结成一个有机整体。且地方对军队参加非战争军事行动的相关保障没有作出明确具体规定，各种保障能力较弱。
　　要解决上述问题，必须着眼应对多种安全威胁、完成多样化任务，围绕军民融合式发展主线，按照“平时能够服务经济社会发展、急时能够应对抢险救灾和维稳处突、战时能够有效支撑不同作战样式军事行动”要求，整合军地应急资源，统筹军地力量运用，进一步加强军地应急联动指挥机制建设，为维护国家安全稳定发挥应有作用。
　　一、进一步加强军地应急联动指挥机构建设，确保高度集中统一指挥
　　应急指挥机构建设只有实现“统一、顺畅、高效”的要求，才能在处置各类突发事件时实施高度集中统一的指挥，才能保证各类应急行动、各种作战力量的高度协调一致，才能充分发挥出党政军警民整体作战威力。
　　一是科学定位基本职能。加强军地应急联动指挥机构建设，必须廓清概念、理清思路，形成对其基本职能科学定位。要进一步加快实现政府应急机制与军队指挥机制的有机融合，全面完善军地应急联动指挥机构建设，使其真正成为军警民联动的指挥中枢，统筹指挥应对各类突发事件整体行动，能够实现对处突行为的组织计划、任务区分、兵力部署、时间选择、行动协调、命令下达以及监督执行等过程的有效控制。
　　二是合理确定组织编成。合理的军地应急联动指挥机构组织编成，是其发挥基本职能、确保指挥效能的基石。目前，可采用动态扩展式机构。即以同级政府应急管理办公室为主体，军队应急处突指挥机构为支柱，抽调专门人员建立联合分布式日常工作机构，必要时还可建立维稳、抢险、保交等专项指挥组。这样，既能充分发挥现有军地指挥成员机构的行政和组织资源优势，又能有效解决各类力量指挥微观主体不明、职能交错的实际问题。
　　三是依责明确指挥关系。只有明确指挥关系，才能在处置突发事件时对无隶属关系的军地各部门、各系统行使指挥权。为此，应确定军警民应急力量统一归属军地应急联动指挥机构，并立法明确动用部队和使用武器装备的权限。其次，军警民三者互相之间是协调与支援、平行与并列关系。在不同阶段可根据担负任务不同，适当予以调整。再次，遇特殊情况和任务需要时，可确定行动主体，通过配属和加强，构成比较稳定的应急指挥关系。