忽略了不同企业生产能力的差异， 仅从能否节约交易费用的角度， 做出或购买或制造的选择。企业持续竞争的源泉和基础在于特定公司所独有的、 难以被竞争对手模仿的且能为客户创造的价值 的能力， 来自于企业所拥有和控制的有难以模仿、 难以交易等特征的特殊资源和战略资产。而不仅仅在于交易费用节约的竞争。

科斯的企业一市场二分法， 不能解释当今大量存在的介于企业和市场之间的组织形式。如分包制、 特许权经营、 战略联盟、 合资研发企业等中间组织形式， 企业间制度的建立， 往往比纯粹的企业和纯粹的市场更能节省交易费用。学术界一般认可交易费用可分为广义交易费用和狭义交易费用两种。广义交易费用包括一切非鲁滨逊经济中出现的费用， 即为了 冲破一切阻碍， 达成交易所需要的有形及无形的成本。 狭义交易费用是指市场交易费用， 即外生交易费用。 包括：搜索费用，谈判费用以及履约费用。

杨小凯等经济学家创立的新兴古典主义经济学区分了两种不同类型的交易费用：外生交易费用和内生交易费用外生交易费用在交易过程中直接或间接发生，是客观存在的实体费用；内生交易费用则包含了道德风险，逆向选择，机会主义等，是需要以概率和期望值来度量的潜在损失可能性。

按照大多数学者认同的观点，交易费用是使用市场机制时发生的“制度费用”。例如，诺思认为，正的交易成本的存在使经济过程产生摩擦，它是影响经济绩效的关键因素。 张五常也持类似观点， 他认为， 好的经济制度可以有效降低协调成本， 即节省交易费用；不好的经济制度则会提高社会的协调成本，即增加交易费用。

搜寻成本 (Searching Cost)： 包括寻找最适交易对象的成本及寻找交易标的物的成本。

协议成本 (Negotiating Cost)： 指交易双方为消除歧见， 所进行谈判与协商的成本。

订约成本 (Contracting Cost)： 当双方达成共识而进行交易时， 签订契约所投入的成本。

监督成本 (Monitoring Cost)： 指契约签订後， 监督对方是否依约执行的成本。

违约成本 (Enforcement Cost)： 指契约签订後， 当交易一方违约时，另一方为激励契约之履行所花费的成本任何不会在一人经济 (犹如鲁宾逊漂流记的状况) 内出现的机会成本。 由于一人经济内不可能构成社会，所以也没有制度和经济组织。