如果你的论文已经退稿，且两个审稿人都给了你很不利的意见，可能和编辑沟通也未必能够挽回。
    以我自己的被审和审稿经验，如果作者不同意专家的意见，完全可以在回复中作相关的解释，然而，可能要注意几点：
    首先，要尽量明白专家意见的意图，仔细检查文章是否存在意见所表明的缺陷，如果不存在，也要多想想专家为什么会提出这些问题，有可能是文章表述不清，让专家有所误解，因此，在回复的过程中尽量不要直接反驳专家的意见，即便需要，语气最好委婉点，在这种情况下，最好找一下自己文章写作上的缺陷，这样也可以给专家一个台阶下。
    其次，如果那些缺陷并不至于改变文章的结论，且专家提出了一定的建议，或者你遵循的是惯例，你也需要按照专家的意见做出相关的处理和说明，当然，这种处理结果和相关说明可以不放在正文中，只在回复中即可，但你得说出充分的理由。
    再次，如果那些缺陷目前技术上无法解决，你可坦然相告，直接承认是文章的局限性即可，没有必要做太多争论，重要的是，你得说明文章目前所采用的方法是主流方法或最好的方法。
    综合来看，我觉得，由于专家的时间和学识有限，专家的意见不可能完全正确，因此，作者可以并且完全值得维护自己认为正确的观点或方法，但是，在回复专家意见时，最重要的还是要弄明白专家的意见，尽量检查和反思自己文章的缺陷，注意措辞。
    祝你好运！

谢谢前辈，受益良多。
论文应该不存在误解，因为比较简单，国外做得多，国内有做，但还是有较大区别。可能专家比较忙，并且国外一本教科书在做此类问题时，因为用两种方法，所以做了RMSE
第二位评审专家写的评审意见太多，但具体有两条：1、方法中国不适用（但是国外也用此方法检验新兴金融市场，并且同一刊物也刊登过此类方法做的文章，是检验中国的）；2、做单位根检验用自己的收益率数据（数据处理可能和我的不同，因为评审专家的回报率数据来源于CSMAR，而我的来自于自己计算），并且自己检验认为是一explosive过程。想再说一下，一般检验用eviews检验单位根即可，我有必要去检验是否为一explosive过程吗？传统的方法并没有要求数据检验必须检验数据生成是否一explosive过程，何况数据不同。象这种情况怎么和评审专家沟通？第二位评审专家特别强调中国特殊，我用的是西方股市理论，可是中国有股市理论吗？况且我是做实证分析。
另外，如果改投，我是否可以将两位匿名评审专家的意见附上给新的期刊，并给出说明！

希望前辈能够教我！
谢谢