在我国加入世贸组织以后，“温州模式”正面临着新的挑战，需要进一步发展。各地在学习和移植“温州模式”时，要充分注意到这一点。这是著名经济学家、北京大学著名教授董辅礽日前在“上海企业与发展论坛”上，对“温州模式”提出的忠告。
从上一世纪70年代末就崭露头角、到80年代中期开始加速发展的“温州模式”，对转变人们的观念和推动全国民营经济的发展，起到过不可估量的作用。在与以集体所有制为核心的“苏南模式”的辩论中，“温州模式”最终取得压倒性的胜利。
今天，“温州模式”已经取得了普遍的认同，但是，随着我国加入世贸组织，“温州模式”现有的不足，也更清晰地显现出来,牰辅礽认为：“温州模式”正面临六大挑战—— “温州模式”是发展市场经济的模式，温州经济的发展也离不开完善的市场环境。固然，温州经济的发展推进了市场经济的形成和发展，但温州经济的发展也受到市场发展不足和不完善的约束。以金融为例，温州的经济在长时间里缺乏正规的金融的支持，为了满足民营企业融资的需要，出现了各种非正规、地下的金融组织和活动，民营企业通过非正规的融资渠道融资，成本很高、风险极大。但在国家银行不能满足民营企业经济发展需要的情况下，简单地取缔这些非正规的金融组织的活动不能解决问题，需要规范化的民间金融机构去替代。否则，非正规的金融组织一时被取缔了，过后依旧会冒出来。
“温州模式”把千千万万的农民卷入到创业的洪流中，这使得温州许多早期创业的老板的素质不高，文化教育水平低。在“温州模式”兴起的初期，他们还能驾驭企业，而在我国的市场越来越对外开放以后，他们只有不断提高自己的知识水平、经营管理能力才能适应这一形势。这是关系到温州经济在未来能否继续走在前列的一个关键问题。有些温州企业的创业者已经认识到自己受的教育少，不惜花大本钱培养自己的子女，有些则聘用高素质人才，这都是很好的。
“温州模式”下的企业大多数是家族企业。在市场经济发展之初，家族企业有其难以取代的优越之处。但家族企业的局限性也不容忽视，如果家族的主要成员能力不随着企业的发展而提高，就会成为企业发展的障碍；一旦形成了家长式的领导，更容易导致决策失误，一旦家族成员的利益冲突超过了亲缘的维系力，企业就会分裂、甚至垮台。受文化的影响，温州人一般“宁为鸡首，不为牛后”，把企业封闭起来，不愿外人进入，不愿与其它企业合作，更不愿意接受股份公司的企业形式，这是温州企业难以长大的一个原因。
温州企业受企业规模小、融资渠道窄、技术力量弱的限制，如何提高技术水平、开发新技术，成为亟需解决的问题。温州在传统的加工制造业方面相当强，而在高新技术产业方面很弱。温州正面临如何用高新技术来改造传统的加工制造业和发展高新技术产业的挑战。
资本市场不发达，是温州经济的又一弱项。目前只有少数企业利用资本市场，不改变这一状况，温州企业难以加速发展。
早些年温州的“柳市低压”、“纸皮鞋”事件，让温州的不少企业吃到了不讲信誉的苦头。他们开始端正市场行为，温州货逐渐取得了市场的信任，但现在仍有一些企业在做着损害温州信誉的事，因此，在温州，如何尽快建立市场诚信，仍是一项艰巨的任务。