在6月底的大限来临之前，全国各地的铁路运输法院、检察院开始扎堆移交地方。5月4日，重庆、云南两地铁路运输法院、检察院移交地方；5月5日，湖北铁路法、检两院移交地方；5月10日，宁夏境内铁路法、检两院移交地方。此前，青海、陕西、甘肃、安徽、江苏等地的铁路法院和检察院都已移交地方。北京、山西等地的铁路检察院，先于当地铁路法院交由地方管理。在传出改革声音多年之后，铁路司法改革终于全面付诸实施，工商注册而且有截止日期。据多家媒体报道，铁道部已表态，称对铁路两院的经费保障只维持到今年6月底。这场改革，也意味着铁路司法这个在中国司法体系中存在了数十年的“封闭王国”，终于被纳入统一的国家司法体系。然而，这场改革并非没有难度，如薪酬体系的重构就激起不小的议论，一些铁路司法机构划归地方管理后，业务指导的跨行政区域也被认为留下了隐忧。工商代办曾两次参与铁路司法改革调研的中国政法大学原校长陈光中教授认为：“这场改革的大方向是正确的，我支持现在的方案。”

　　该文称，以太原站为例，太原铁路司法机关对于在太原站及其周边地区刑事案件管辖的界定为：“以太原站步行通道出站口的台阶为限，台阶上归铁路公安机关管辖，台阶下归地方公安机关管辖。”结果，这种界定造成太原站及其周边地区案件管辖“山头林立”。2010年时，太原站的管理共涉及四家派出所：属于铁路的车站派出所和属于地方的站前、庙前、小五台派出所。2011年，虽然站前、庙前、小五台派出所合并组成文庙派出所，但铁路与地方之间的协同配合仍不顺畅。多头管辖的结果是，一些案件办案质量不高或案件流失。太原铁检院2005年办理过一起毒品案件：犯罪嫌疑人徐里古伙同达日让里里加加从成都往太原运输毒品，2005年8月31日晚，里里加加携带毒品从成都乘坐1486次旅客列车前往太原。9月2日5时许，当列车到达太原站后，徐里古伙同犯罪嫌疑人阿火热沙前往太原火车站出站口接应里里加加时被太原铁路公安处抓获，缴获毒品海洛因72.84克。刘洋等人称，在抓捕犯罪嫌疑人阿火热沙的过程中，考虑到铁路公安机关的案件管辖问题，若在台阶以上抓捕，涉案毒品相关交易尚未结束，无法获取对嫌疑人定罪量刑的直接证据；若是将抓捕过程移至台阶下进行，就面临着没有执法权限的问题。太原铁路公安在权衡之后，只好选择涉毒团伙在车站台阶上准备交易时实施抓捕，由于阿火热沙此时没有接到毒品，被抓后，他拒不承认贩毒、买毒的事实。

　　无论是陈振东还是陈光中，都认为铁路部门办司法，更大的问题在于司法公正问题，因为这违反了司法上基本的程序正义原则。很多跟铁路司法机构打过官司的人士都表示，“胳膊肘往里拐的倾向太明显了”。因多桩公益官司闻名的山西人郝劲松就曾跟铁路司法机构较过劲。2004年9月，他在北京开往上海的列车餐车上消费100元，他索要正式发票，餐车服务员只给了一张收据。郝劲松据此起诉至北京铁路运输法院，要求补开用餐发票，并书面道歉。开庭中的一个细节让他印象特别深刻。在宣读法庭纪律时，郝劲松拿出瓶装水喝了一口，却被法官厉声喝止。郝劲松辩称，他参加过多次庭审，没有哪个法庭的纪律说不能喝水。“但法官告诉我，这是他们自己的规定”。法院一审驳回了郝劲松的起诉，理由是他不能证明自己索要过发票。被告北京铁路局提供的3名证人都是该次列车的餐车服务员，他们作证郝劲松没要发票，要的是收据，法院予以采信。几场官司下来，他也看到了铁路部门利用铁路法院充当了自己的法官，铁路法院变成了“铁老大自己开的法院”，审判实际上变成了“儿子审老子”。一个铁路检察院退下来的检察官也告诉他，在现行体制下，铁路检察院反贪工作开展不起来，“他说，查一个科级干部要向铁路局汇报，局里安排他出差了，就挂起来没法工作了。查的都是很小的案件，比如盗窃案件，铁路腐败的都没听说过，法院的审判结果都需要向上汇报。”为此，郝劲松把矛盾对准了铁路司法。2005年10月，他向全国人大常委会递交建议书，以《宪法》第126条规定“人民法院依照法律规定独立行使审判权，不受行政机关、社会团体和个人的干涉”为由，要求撤销铁路运输法院。

　　这场铁路司法改革，涉及30多个铁路运输中级法院和铁路运输检察分院，以及100多个基层两院，涉及数千余名法官、检察官。刘明说，从他进铁路法院以来，就感觉大家在盼着改制早日完成，尤其是一些老法官，都希望以公务员的身份退休，“这次愿望实现了，我觉得同事们都挺支持这次改革的。”有改革就会有利益的碰撞，据媒体报道，打响移交第一枪的太原铁路局司法机关就面临人员待遇骤降的情况：移交前，一名副科级铁路法官月收入可达6000元，而同级别的地方法院法官月工资还不到3000元。兰州铁路运输中院一位不愿意透露姓名的工作人员也告诉中国青年报记者，归地方管理后，他的工资也会降50%左右。“虽然我的身份变为公务员了，但收入减少了很多。在铁路时，除了基本工资外，我还有津贴和奖金，改了以后都没了。”更让他忧心忡忡的事情在于，他听说此前交了多年的养老金不会退还。“改革的大方向肯定没错，我们也觉得应该改、必须改，不改不符合社会需要，但改革中也要注意谁来承担改革成本的问题。”刘明告诉中国青年报记者，收入问题确实很现实，“对于我们青年干警来讲影响更大，因为要面临结婚、买房等现实问题，尤其在省城生活消费水平高，工资收入的下降无疑会对自己造成一些冲击。移交之前院领导也在努力争取让大家在物质待遇上与现有状况持平，但收效不是很大。不过改革是个双刃剑，大家也能理解。”但记者了解到，广东、上海等地由于公务员收入较高，铁路两院在这个问题上几乎没有遇到障碍，人们纷纷乐见自己转变为公务员。改革后，如何开展工作也是问题。据《新京报》报道，太原铁路运输检察分院划归地方后，院长张双喜在铁路局的内网上看到一则通知，要求各单位参加电视电话会议，总结春运情况，通知并未要求铁路检察院参加，张双喜也思索良久，铁路检察院已经移交，这个会参不参加？该院政治部副主任陈蒲认为，这件事虽然看似不大，却反映了铁路检察院移交地方之后遇到的新问题——移交到地方了，但是职能不变，跟铁路局的关系该怎么处理？工作怎么衔接？

　　刘明说，确实有这种提法，“移交以后我们管辖肯定会有所扩大，但具体范围应该还没有明确”。太原铁路运输检察分院工作人员刘洋等认为，划归地方省级检察机关管辖后，铁检机关管辖权归属应会进一步明确。刘明认为，铁路法检两院人员自身素质还是很过硬的，这可能跟铁路系统长期以来的半军事化管理有关，这次纳入地方司法系统，给铁路法院能适当增加案源，对地方司法资源尤其是审判资源短缺也可以起到一定缓解作用。但陈振东认为，这场改革还留下许多“尾巴”，比如北京铁路检察院辖北京市、天津市和石家庄基层铁路检察院，实行属地管理后，北京铁路运输检察分院、北京铁路运输检察院整体移交给北京市人民检察院，但天津和石家庄两家基层铁路检察院人、财、物归天津市和石家庄市管，资质审批业务由北京市人民检察院指导，“我看这样很别扭”。但陈光中认为，改革前体制不顺，改革后肯定也还会存在各种问题，“重要的是先把大方向改了，不合适的可以再改。检验几年，看再进一步怎么改”。