《预算法》修正案（草案二次审议稿）规定，现行《预算法》第四十八条第二款“中央国库业务由中国人民银行经理，地方国库业务依照国务院的有关规定办理”删去。第五款改为第四款，内容由“各级政府应当加强对本级国库的管理和监督”修改为“各级政府及其财政部门应当加强对本级国库的管理和监督。”新增一款：“国库管理的具体办法由国务院规定。”

这一修改实质上削弱了央行在国库管理体制中的地位，强化了财政部门的作用。该修正案草案是国务院法制办在全国人大常委会预工委和财政部起草的征求意见稿基础上修订成型。

经理制意味着人民银行国库是对政府负责，政府与央行之间存在委托关系。代理制下，人民银行国库向财政部门负责，财政部门委托银行来管理国库。“经理制下，央行经理国库的职责非常大，而代理制下央行就会处处受制于财政部门

央行认为：财政是政府的总会计，国库是政府的总出纳，会计和出纳不能互兼，国库应独立于财政部门。现行国库管理体制权责清晰、运行良好。在中国央行经理国库有其现实性。与国外主要市场经济国家预算编制、执行严格分开不同，长期以来，中国财政机关集中负责预算的编制、执行和监督工作。

人大和审计部门虽然能对预算、决算进行事前与事后的监督，但是，无法在预算执行过程中适时监管。同时，在分税制下，财政收入涉及大量的各级政府分成、转移支付，财政资金结算复杂，预算执行过程中的监督十分必要。

人民银行在国库办理预算资金收支业务时，可以审查预算收支凭证要素是否完整准确，出入库的财政资金是否合规，对不合规业务拒绝办理。这种监督不是针对财政机构和财政人员，而是针对办理预算入库、支拨的资金。

在经理国库过程中，人民银行每年都会堵住几百亿的擅自调整预算级次、预算科目，截留上级收入和违规拨款、退库业务。央行国库局局长刘贵生2011年撰文表示，据不完全统计，2006年-2010年，各级国库堵住违规业务114万笔，涉及金额4441亿元。