在跨学科评价中，各高校不同学科方向职称指标的分配问题是一个亟待解决的问题。

按学科平均分配指标可以吗？如果这样，一些人数较小的学科必然占有优势，何况学校不是所有的学科都设立了相关的实体机构。

按人数比例分配？似乎也不合理，虽然总体上人数多的学科科研实力强，但也不见得，比如承担基础教学工作的相关学科。

按科研产出？如何进行衡量？一些学科拿两个国家课题评教授很正常，而一些艺术类、基础类学科，能拿到省级课题就不错了。何况，对于一些教学为主型的高校，如何体现对教学的重视？

学科组在投票时，也存在一个不同学科的比较问题，如何解决？同行评议也不能解决这个问题。

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