空间经济学研究经济现象的空间分布规律，按照保罗·克鲁格曼的说法是，他试图建立一个空间分布的一般均衡模型。

        而区域经济学主要研究区域经济发展问题及与其他区域的经济联系，包括区域差异。

现在这个问题在我国的区域经济学界还没有搞明白其隶属关系，期待我国区域经济学大家把这个问题树立一下

现在很多人搞不明白：区域经济学、经济地理、区位论、空间经济学之间的关系，当然这里提到的空间经济学和区域经济学之间的关系也是如此。

空间概念与区域概念是不一致的

空间经济学能够丰富区域经济学理论内容

如同区域政策、产业等丰富区域经济学一样

南开大学江曼琦教授对空间经济学和区域经济学的论述：
    空间经济学：是涉及空间问题经济性研究的基础理论，它研究的是空间的经济现象和规律，研究生产要素的空间布局和经济活动的空间区位。空间经济学研究的历史可以追溯到德国古典区位理论，通过借鉴D-S的垄断竞争分析框架，克鲁格曼（1991）将空间经济学的研究，引入全新的发展阶段。
    区域经济学：本质上属于空间经济学的范畴，但是与空间经济学在很多方面存在明显差异。空间经济学研究经济活动的空间布局，它从微观层次探讨了影响企业区位决策的因素，在宏观层次上解释了现实中存在的各种经济活动的空间集聚现象。空间经济学研究的核心问题是空间问题，但空间经济学中的空间是高度抽象的空间概念，与实际存在的地理空间存在本质区别，其理论模型虽然融入了冰山交易成本形式的运输成本，将空间距离因素分析具体化，但探究其实质，也是建立在垄断竞争框架下现实空间的抽象。区域经济学所研究的空间是具体的，是客观存在的实体，例如中国区域经济发展东部、中部、西部、东北四大板块的划分，空间概念是非常明确和具体的，这与空间经济学中的空间概念明显不同。
    空间经济学的研究抽象掉了地区差异，所讨论的空间是均质的空间。而区域经济学，以新古典经济学、古典区位理论、古典贸易理论为理论基石，将经济学、地理学的理论和分析工具引入其中，把区域层面上的经济发展差异，作为区域经济学解决现实问题的关键点。因此，两者在研究的重点问题的侧重上存在本质的区别。

jared121 讲的观点很有启发意义，盼更多的相关论述。