到了中国大陆之后，改名为“林毅夫”的林正谊先后辗转各地，最后到达了首都北京。时为文革结束不久，而林毅夫的台籍身份又极为敏感，他首先准备就读的中国人民大学就曾以“此人来历不明”为由把他拒之门外，最终是北京大学接纳林毅夫为北大经济系硕士生；林毅夫至今对此心存感激。1980年，刚于1979年获诺贝尔经济学奖的芝加哥大学荣誉教授西奥多·舒尔茨到访北大，校方指派林毅夫为舒尔茨翻译；舒尔茨对林的翻译和经济学上的领悟颇为赞赏，回到芝加哥后便安排推荐给林毅夫奖学金就读芝加哥大学经济系。