原因可能是系数相关矩阵中的元素表示的是两个变量的相关系数，而回归分析中，是在考虑其他变量的情况下，某一变量对因变量的影响情况，这个可能是受其他变量的影响，你可以试试不同的回归模型，正负值都有可能出现的。

而且你确定你的模型都通过了检验？如果没有，出现负值就正常了。

检验都通过了，都是0.000，但是逐步和一般回归都是负值，我用主成分分析提取出来三个主成分，再用Y对这三个主成分进行一般和逐步回归这个方法可以吗？

是这样的，你提取的主成分表示的是之前所选取解释变量的线性组合，也就是说F1可能是X1和X2的线性组合，F2是X3和X4的线性组合，F3是X5和X6的线性组合，也就是说F1，F2，F3现在是你的解释变量，但三者之间不存在共线性关系的，这也是你为什么要用主成分分析的原因（原先的解释变量之间存在共线性，不满足回归分析经典假设条件），提取的主成分代表的含义跟原先的解释变量是不一样的，所以出现负值是正常的。另外，如果你的变量较少，那你首先要看看是否需要采用主成分分析方法，如果不需要，一般回归就可以了。