新制度经济学里面的企业理论，可以理解为关于企业为什么出现和企业内部组织的经济学意义的学问。开创性的工作应该归功于罗纳德.科斯1937年的那篇文章《the Nature of the Firm》。上个世纪70年代，新制度经济学的企业理论有了长足的发展，主要是：一是产权学派在科斯交易费用的分析工具的应用；二是微观经济学基础理论的发展，包括信息经济学、激励理论、合同理论和委托代理理论。
    ●科斯为首的产权经济学的企业理论主要以下四个方面：1、企业的本质和边界。2、企业内部的科层制。3、企业的财务结构。4、委托代理问题。
    ●威廉姆森等人的资产专用性理论，主要是威廉姆森、克莱姆、格罗斯曼、哈特、莫尔和瑞奥登等人开创的范式，资产专用性是指在不牺牲生产价值的条件下，资产可用于不同用途和由不同使用者利用的程度。威廉姆森的分析主要是建立在两个假设上：（1）交易人的有限理性（2）人天然具有机会主义动机。他认为，最大化规则的指引下，有限理性的行为主体组织经济活动以便达到生产最优的同时，应尽量防止机会主义。因此，纵向一体化管理的企业可以替换现货市场，因为在企业组织内部，机会主义必然受到权威的监督。
    ●Holmstrom等人的团队生产理论，认为企业是一种团队生产（team product），而“团队”（team）是指企业中的工人是一组代理人，他们独立地选择努力水平，但却生产出一个总的产出，每个代理人对产出的边际贡献是依赖于其他代理人的努力的，是不可单独观测的。将博弈论与制度变迁引入了企业理论。
    ●杨小凯、黄有光的企业间接定价理论：通过他们的数学模型，以三种组织的生产方式间接定价：（1）管理专家将管理知识作为咨询服务卖给职能生产者；（2）职能生产者雇佣管理专家；（3）管理专家开办工厂雇佣工人进行生产。显然后两者是剩余索取权和剩余控制权的不对称分布。但两者都是用劳动力的买卖代替中间产品买卖，所以如果劳动力的买卖比中间产品的买卖的市场交易费用低，则企业就会出现。杨小凯和黄有光认为：企业是一种巧妙的交易方式，它可以把一些交易费用极高的活动卷入分工，同时可以避免这类活动的直接定价和直接交易。
如果就现在来看，主要是剩余索取权的问题和激励机制的问题。