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2018-04-23
variable.xlsx
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library(readxl)

lass<- read_excel("E:/R/prostate/2010+/variable.xlsx")
lass<-cbind(time,status,variable)
time<-lass$survival.months
status<-lass$OSD
variable<-lass[,3:14]
#
variable$subgroup<-relevel(factor(variable$subgroup),ref = "nscNECa")
variable$age<-relevel(factor(variable$age),ref = "70-")
variable$N<-relevel(factor(variable$N),ref = "N0")
variable$M<-relevel(factor(variable$M),ref = "M0")
variable$AJCCstage<-relevel(factor(variable$AJCCstage),ref = "I-III")
variable$csstage<-relevel(factor(variable$csstage),ref = "Localized")
variable$surg.LN<-relevel(factor(variable$surg.LN),ref = "Removed")
variable$radiation<-relevel(factor(variable$radiation),ref = "Yes")
variable$chemotherapy<-relevel(factor(variable$chemotherapy),ref = "Yes")
variable$brain<-relevel(factor(variable$brain),ref = "No")
variable$liver<-relevel(factor(variable$liver),ref = "No")
variable$lung<-relevel(factor(variable$lung),ref = "No")
#
as.matrix(variable)
time<-as.double(time)
status<-as.double(status)
surviv<-Surv(time,status)
#fix(variable)
fit <- glmnet(variable, surviv, family = "cox", alpha = 1)
> fit <- glmnet(variable, surviv, family = "cox", alpha = 1)Error in coxnet(x, is.sparse, ix, jx, y, weights, offset, alpha, nobs,  :   negative event times encountered;  not permitted for Cox family

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2018-4-23 23:42:01
最后出现
Error in coxnet(x, is.sparse, ix, jx, y, weights, offset, alpha, nobs,  :   negative event times encountered;  not permitted for Cox family错误提示
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2018-4-28 09:33:33
你的code确定没问题吗?cbind那里,在我这边运行直接就包error了
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2020-2-19 18:58:23
amor_liu 发表于 2018-4-23 23:42
最后出现
Error in coxnet(x, is.sparse, ix, jx, y, weights, offset, alpha, nobs,  :   negative event ...
请问最后你是怎么解决的呢?麻烦指点,我也遇到了这个问题
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2021-6-7 21:10:45
2631677075 发表于 2020-2-19 18:58
请问最后你是怎么解决的呢?麻烦指点,我也遇到了这个问题
X自变量中存在缺失值,我的也是老是这样报错,仔细核查了一下,有一个自变量缺失了一个值。
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