R语言glmnet中的cox回归）

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收藏 2014-06-08

> library("glmnet")
> library("survival")
> data<-read.csv("F:yang\\yang.csv")
> dim(data)

[1] 560  18
> head(data)
  time status hsa.miR.198 hsv1.miR.H1  GALNT10 KLHDC3  MGC3196 PPM2C
1 1336    0 6.000120 7.115827 4.211642 6.430065 7.368874 6.611384
2 1247    0 5.668861 6.080477 4.819239 7.095121 7.902691 6.975410
3 55    0 5.584859 5.799768 4.349560 6.035969 8.856912 5.458948
4 1495    1 4.539358 4.346842 3.903397 6.708086 8.263683 6.004740
5 61    0 4.810125 4.838093 5.520588 5.452923 7.802564 6.185189
6 1418    1 5.490129 5.790943 4.376609 7.073469 8.070348 5.691560（部分数据省略）
岭回归做法：
> x<-as.matrix(data[,3:18])
> y<-data[,1]
> cv.fit<-cv.glmnet(x,y,family="gaussian",maxit=1000,nfold=10,alpha=0)
> plot(cv.fit)

请问如何用family=“cox”做？我用以下代码，提示错误
> cv.fit<-cv.glmnet(x,Surv(time,status),family="cox",maxit=1000,nfold=10,alpha=0)
Error in drop(y) :
  error in evaluating the argument 'x' in selecting a method for function 'drop': Error in Surv(time, status) : Time variable is not numeric

> y=cbind(time=data[,1],status=data[,2])
> cv.fit<-cv.glmnet(x,y,family="cox",maxit=1000,nfold=10,alpha=0)
Error in coxnet(x, is.sparse, ix, jx, y, weights, offset, alpha, nobs,  :
  negative event times encountered;  not permitted for Cox family

请指点，不胜感激！

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melodyonly

2014-6-8 13:55:37

想学习学习

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相逢一笑0206

2014-6-8 17:50:45

恩，找到错误了。O(∩_∩)O~

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相逢一笑0206

2014-6-8 17:51:41

melodyonly 发表于 2014-6-8 13:55
想学习学习

昵称让我想起身边的一个同学，哈哈melody

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相逢一笑0206

2014-6-8 22:38:20

> options(stringAsFactors=F)
> Surv(data$time,data$vital_status)
> class(Surv(data$time,data$vital_status))
[1] "Surv"
> surv<-Surv(data$time,data$vital_status)
> dat<-data[,-c(1,2)]
> fix(data)
> fix(dat)
> x<-as.matrix(dat)
> cv.fit<-cv.glmnet(x,surv,family="cox",maxit=1000,alpha=0)
> plot(cv.fit)
> fit<-glmnet(x,surv,family="cox",maxit=1000,alpha=0)
> coefficients<-coef(fit,s=cv.fit$lambda.min)
> coefficients

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PhoebeSG

2015-6-11 00:17:32

想请问楼主这个“negative event times encountered; not permitted for Cox family”问题最后是怎么解决的呀？我也是遇到了这个，并不太懂。。。

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pzqmoon

2016-7-20 16:04:59

相逢一笑0206 发表于 2014-6-8 22:38
> options(stringAsFactors=F)
> Surv(data$time,data$vital_status)
> class(Surv(data$time,data$vital ...

请问怎么解决的，谢谢

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yangjw5

2016-9-11 16:19:26

PhoebeSG 发表于 2015-6-11 00:17
想请问楼主这个“negative event times encountered; not permitted for Cox family”问题最后是怎么解决的 ...

详细代码参见这个网站https://github.com/jeffwong/glmnet/blob/master/R/coxnet.R
要事先把TIME和STATUS转换为DOUBLE型，原始数据可能是INTEGER，所以要进行数据类型转换，不然就会报错（Error in if (any(ty <= 0)) stop("negative event times encountered; not permitted for Cox family") :
missing value where TRUE/FALSE needed）。

我写的代码如下：
install.packages("glmnet")
library(glmnet) #载入弹性网络R包
library(survival)
w=read.csv("C:\\Users\\yangjiang\\Desktop\\R\\Stock1.csv")
x=as.matrix(w[,1:30]);
y=as.double(w$TIME)
STATUS=as.double(w$STATUS)
surv=Surv(y,STATUS);
cv.fit<-cv.glmnet(x,surv,family="cox") #交叉验证过程
plot(cv.fit) #交叉验证图
这样运行就没出错。
希望可以帮到你！