我司系房地产开发企业，所开发项目以住宅为主，分三期开发，每期均配建了地下停车库，其中一期住宅按照相关规定配建的地下车库（不含人防车库，人防配建在三期住宅地下）车位配建比较高，地下停车库面积较大，目前一期住宅已竣工交付，并已进入土地增值税清算阶段，且地下车库中可售车位开始销售。对于类似的地下停车库国税发【2009】31号文第三十三条明确规定“企业单独建造的停车场所，应作为成本对象单独核算。利用地下基础设施形成的停车场所，作为公共配套设施进行处理”，当然该条规定是该文第十七条的特例。但是对于同一个地下车库其成本分摊扣除问题，在土地增值税清算中却没有相应明确的规定或条款，给企业和基层税务机关具体执行造成了极大的困惑，事实上上海市各区县税务机关针对不同项目类似车库的处理也不尽相同。何谓“利用地下基础设施形成的停车场所”？我司上述项目一期住宅（占地面积6.1万平方）配建的地下车库（建筑面积2.9万平方）属于上述规定的停车场所吗？该地下停车库是否需要分摊土地成本？建安成本如何在住宅和相应的地下车库之间分摊？有的税务机关将项目一期的土地和建安及其他成本总额在住宅和地下车库之间按照各自可售面积平均分摊这样合理吗？作为为住宅配建的地下车库中地下车位本身销售及使用对象特定，即住宅业主及该房产承租人，车位售价不高，如果车库成本按照上述方式和住宅平均分摊，收入和成本则会严重倒挂，住宅和车位本身属于不同产品类型，如果住宅和车位分开计算增值额，最可能的结果是住宅部分增值较大，而车库部分则需要退税，且住宅和车库增值部分又不能合并的话，无疑会加重企业税负，而且这种税负的增加并非项目实际增值实现的，而是税法规定理解、执行差异造成，这应该不是税法中性的立法本意，类似问题现实中随着土增税清算工作的逐渐展开具有越来越多的普遍意义。