在一些浅薄的经济学者眼里，马克思主义政治经济学已经远远落伍于现代市场经济发展的当今现实，仅仅被作为一种顶礼膜拜的政治教条。即使在中国经济学界，马克思主义政治经济学也受到前所未有的冷落，一些身处学界名利场中的庸俗学者更是对其进行大肆攻讦和批驳，甚至干脆否认马克思主义政治经济学属于经济学学科范畴，以此来向西方主流经济学证明自己“皈依”了所谓的经济学正统。
马克思主义政治经济学运用辩证唯物主义和历史唯物主义对商品经济一般过程进行了全面的、动态的、辩证的分析，得出了大量的科学结论，又岂是凭借教条式地抄录西方主流经济学这一“空想资本主义”中的只言片语就能轻易否定的？当然，我们也不否认由于历史的局限性，这一理论体系仍然存在着一些瑕疵甚至是缺憾：
（1）马克思主义政治经济学以“商品”这一看得见摸得着、实实在在的物质世界客观实体作为经济分析的出发点，显然要比西方主流经济学以“人性”这一看不见摸不着、变幻莫测的意识世界主观设定作为经济分析的出发点，更可能真实反映社会经济活动的客观规律。然而对逻辑起点和分析视角的择取利弊是同时存在的，选择商品也就意味着选择了商品社会经济活动的客体，自然也就使得其分析过程及其结论都是以经济活动客体——商品运动过程中所反映出来的社会经济利益关系作为研究重点，而基本上不涉及或者弱化了经济活动主体的决策过程分析、经济行为分析等。
（2）马克思主义政治经济学引入了时间观念，在运动中考察资本主义生产方式在人类社会历史长河中的地位和作用，显然要比西方主流经济学肆意地割裂经济活动与时间空间的紧密联系，将经济活动时空背景抛在一边的做法，更可能真实反映社会经济活动的历史规律。然而由于历史的局限性，特别是在牛顿力学主宰自然科学的时代，这种时空观仍然是一维的、线性的，“商品—货币—剩余价值，循环—周转—再生产，生产价格—利润—各种剩余价值的转化形式”，经济系统的非周期运动、无序扰动乃至耗散过程、混沌机制等往往被隔离在分析框架之外。
（3）在马克思恩格斯本人的眼中，马克思主义政治经济学始终只是作为一种经济学的分析视角和研究方法，只是“辩证方法应用于政治经济学的第一次尝试”[1]，这比某些西方主流经济学家自伐自矜的成熟框架和完备体系，以及不证自明的公理、定理、定论和毫无根据的狂妄自大更加符合科学的态度。恩格斯指出：“马克思的整个世界观不是教义，而是方法，它提供的不是现成的教条，而是进一步研究的出发点和供这种研究使用的方法”[2]。然而需要说明的是，我们目前所学习和认知的马克思主义政治经济学在很大程度上仍然没有摆脱前苏联科学院经济研究所的《政治经济学教科书》体系，而该体系的建立在很大程度上又受到前苏联政治经济体制的影响。这种政治经济学体系注重概念推演，轻视对现实经济运动的考察、提炼，并将视野大多集中在物质财富上。
但马克思主义政治经济学，尤其是集中体现于《资本论》中的分析思路和逻辑方法，却堪称社会科学研究的典范，坚持这种观察问题、分析问题的思路和方法，较之执拗于其个别的判断和结论更具有普遍意义。已故经济学者孟氧及其所著的《经济学社会场论》[3]就是抱着这样的科学态度进行了一系列理论深化和方法突破的努力。令人遗憾的是，由于没有摆脱传统思维模式和固有概念体系，加之对量子力学、相对论、耗散结构等前沿科学的理解和把握较为支离破碎，这种尝试最终并未建立起一个相对完整又逻辑自洽的新体系，但他所提出的“经济时间与经济空间”、“经济二重态”、“微观（经济）社会场”、“宏观（经济）社会场”等概念和立论却能给我们以深刻的启迪，至少这种独立思考远比在西方经济学华美宏大的理论体系面前自惭形秽、妄自菲薄的敬畏谦卑更值得我们尊崇[4]，也远比在时髦风尚的西方主流经济学后面亦步亦趋、人云亦云的跟从追随更值得我们敬重[5]，更远比那些引经据典、寻章摘句、繁琐论证、孤芳自赏的“经院经济学”更值得我们仿效。