威廉姆森对交易费用理论的贡献不仅表现在他对交易费用决定因素的分析上，而且表现 在他对交易费用的应用研究上。 威廉姆森借助于交易费用工具， 深刻地研究了各类经济组织问题， 特别是企业、 市场、 混合治理以及与之相关的签订契约的问题。首次提出资产专用性对经济的重要意义并用以解释实际问题； 更加依靠对制度的比较分析； 把工商企业看作一种治理结构， 而不是一个生产函数； 特别强调私下解决(而不是法庭裁决) 的作用， 重点是研究契约签订以后的制度问题。

契约天然是不完全的，又由于缔约各方都有机会主义倾向， 都会采取各种策略行为来谋取自己的利益， 因此缔约后双方不可避免地出现拒绝合作、 失调、 成本高昂的再谈判等危及缔约关系持续地、适应性地发展下去的情况。 所以需要考虑某种制度安排， 来最大限度地减少不完全契约造成的潜在的和现实的风险 因此 需要求诸 种私下的治理结构在事后“注入秩序， 转移冲突，实现双方共同利益” ， 使得不同性质的交易或契约对应于不同性质的治理结构。

最优的治理结构是能够最大限度地节约事前和事后交易费用的治理结构。通过比较不同治理结构或者不同制度安排从而找出交易费用最小的选择。

威廉姆森在经济组织的研究方面的主要贡献是认为不同治理结构应该与不同的交易类型相匹配，匹配的目的是使交易成本最小化。

“对企业、市场和混合形式的研究被作为一个统一体，交易成本是其核心。 不同交易在特征上存在差异这一事实说明了组织形态的多样性， 由于这种差异， 交易的治理也要不同。 通过以一对一对应的方式把交易和治理结构相应地匹配在一起实现了交易成本的最小化。”

“经济组织问题的比较研究强调的是以下基本观点：根据不同的治理结构(即治理能力及有关成本不同)来选择不同的(即具有不同属性的)交易方式，可以节省交易成本。”