对科学主义的批判有所谓方法论上的批判，也有意识形态上的吧。

说方舟子别有用心明显就不是方法论上的。虽然也很不喜欢方舟子的论调。

科学主义的危害要远远小于宗教、邪教、愚昧民俗、神功大法的危害。

如果对这些东西不保持必要的批判，中国人的愚昧就会加倍增多。目前国人对科学的信仰不是多了，而是还很不够。君不见医院贩卖胎盘给人“食补”？君不见有人跟处女发生性关系以求“采阴补阳”？君不见某种邪教吸收了多少蒙昧的教徒？君不见李一道长的“神功”唬住了多少渴求养生的徒众？

对科学发展到迷信的地步，当然是不好的。但是现在看来，科学是若干种信仰中最为靠谱的一种。