二、学术行政化。中国学术界一直存在着学术行政化的倾向。学术的行政化主要表现为学术团体行政化、学术载体行政化和学术评价行政化等。
学术团体行政化。可以简单地理解为学术团体和学校的衙门化。各种学会往往有相应的行政级别或领导级别人任会长。会长由党政领导兼任，常务理事、理事自然而然地得由级别相当的领导担任。如全国性学会为正部或副部级，省级学会为正厅或副厅级，依此类推等。另外，近年来，不少大学先后成为‘副部级大学’，其党委书记和校长成为副部级干部。这一做法客观上强化了学术的官本位意识。研究教育问题的学者熊丙奇将这种现象戏称为“校级干部一走廊、处级干部一礼堂、科级干部一操场”。
陈丹青，油画家。2000年，从纽约回国后，作为清华大学特聘教授，任清华大学美术学院教授、博士生导师，同时主持“陈丹青工作室”的工作。2004年末提交了辞去清华美院教授职务的辞职报告。在辞职报告中，陈丹青说，“我坦诚，我之请辞，非关待遇问题，而是至今不能认同现行人文艺术教育体制。这一决定出于对体制的不适应，及不愿适应。”什么意思啊？学术行政化，学校衙门化，我玩不过你们，不想再玩了，拜拜。
赵秉志，中国人民大学法学院前副院长，现任北京师范大学刑事法律科学研究院暨法学院院长2005年，赵秉志因人大未满足其人文社科重点基地实体化的要求，率数十名骨干教师集体转投北京师范大学，堪称“中国法学界大地震”。
张鸣，人民大学国际关系学院政治系主任。在2006年职称评定会上，张鸣发表对萧延中的教授职称问题的意见，期间院长李景治两次要打断他的讲话都被张鸣制止，李景治感到张鸣对他没有起码的敬畏之心，随即矛盾激化。2007年3月份，，张鸣在博客里声称，因和领导发生冲突，“也许将离开人大”。
北京市某师范大学的研究生社团组织以“学习科学发展观”为主题的科研立项，通过立项申请的人员99%为其社团内部成员，1%的是内部成员的亲信。
学术载体行政化。如人为地将报刊、出版社分为“权威”、“核心”等三六九等。省级期刊指由各省、自治区、直辖市及其所属部、委办、厅、局主办的期刊以及由各本、专科院校主办的学报（刊）。“国家级”期刊指由国家部委、全国性团体、组织、机关、学术机构主办的刊物。一般是分为“核心期刊和普通期刊”两类，近几年有些地方在核心期刊里又分出；权威、重要、核心。截止到2007年我国期刊共有9468种。只要有国内统一刊号的，就是合法刊物。核心期刊是国内几所大学的图书馆根据期刊的引文率、转载率、文摘率等指标确定的。
一些核心期刊，论文录用的原则就是看职称、看关系。教授，如果是自己“圈”内的，每年都会给发几篇。什么是“圈”内啊？看一下核心期刊的理事会就明白了，想发文章，要先加入一个团体，最好在这个团体内谋求较高的行政级别和良好的人缘。要不然为什么研究生都想跟自己的导师联名发表论文啊？
国内哲学界权威学术期刊《哲学研究》2009年第4期刊登了署名“陆杰荣、杨伦”的文章《何谓“理论”？》，其中陆杰荣系辽宁大学副校长，杨伦为北师大在读博士。《何谓“理论”？》一文涉嫌抄袭自云南大学讲师王凌云多年前的一篇讲稿《什么是理论》。
学术载体行政化所折射出的是学术评价行政化。如在职称评定、业务考核和各类评奖等活动中，用学术载体的行政级别作为评价学术成果的标准等。如许多单位规定，在国家级报刊发表论文或在国家级出版社出专著打10分，在省部级报刊发表论文或在省部级出版社出专著打6分，在地市级报刊发表论文打3分，诸如此类，只看外表不看内容；只看载体的行政级别，不看作品的学术价值和社会影响。
而且，学术和行政的关系好像难以让人们分清楚。
2009年，教师节前夕，教育部评出第五届国家高等学校教学名师。统计发现，在这100位获奖者中,担任党委书记、校长、院长、系主任、教研室主任等行政职务的，占到九成，还有人身兼几种职务。不带任何“官职”的一线教师仅有10人左右。甚至个别老师近十年内几乎没有上过一门课程。
其中有一个叫孙玉华的，是大连外国语学院院长。从2003年就有这个人。它的高教名师的称号是怎样获得的？第一，简历造假。“简历不造假，整个一大傻”嘛。“1980年9月 — 1982年7月赴北京大学研究生班学习，攻读俄罗斯文学专业”，其实只是去旁听而已。第二，教学经历造假。这个不多讲。第三，科研情况造假。她自称“获奖成果共12项”，其中“省部级8项”。 但是在它的“申请表”的附件“获奖证书”中，我们找不到一件省部级科研奖的证书。