自90年代中期以来，中国大部分农村的发展陷入长期的停顿甚至衰退。其根源主要有两个：1）国税地税的分税制度；2）教育、医疗的高收费。一、从94年开始的分税制改革，税务管理一分为二，国税、地税，导致中央财政收入的超高速增长和地方财政的相应急剧萎缩。从而使得大多数农村地区的地方财政状况极大恶化，产生了两个对于农村经济产生极大负面影响的衍生性后果：

1）欠发达地方财政中用于发展地方经济的资金严重匮乏；2）为维持地方政府财政，地方对农民施加的费税开始急剧增加。——朱鎔基时期的减免费税呼声不断，便是明证。
　　
　　94年的税制改革有一个基本背景，便是此前的征税制度，有利于地方，不利于中央。1993年，中央财政捉襟见肘。而地方经济和农村经济则欣欣向荣。分税制，使地方经济受到极大打击，中央财政一头独大（2004年国家财政收入猛增40％，从2003年的2万亿增加到2万5千亿，追根溯源，一切皆要归功于朱）。用这些钱，修了路，大搞了一些工程，也催肥了许多官吏。有功有过。但是这种分税制把地方淘空了……中央财政收入的增额只有极少的一部分，返回到了农村；绝大部分投向了城市，而且愈发达的领域和地区，得到的愈多——这个过程，是一个劫贫济富的过程。中国地区发展中的不平衡的恶化，由此肇始。
　　
　　二、以教育高收费为核心的教育产业化＋以医疗医药高价格为核心的医疗制度改革。导致农民在收入并未得到大幅提升的情况下，支出状况迅速恶化。
　　
“教育致贫”“医疗致贫”成为农村贫困的两大主因。
　　
　　90年代初，大学一年学费不过200元；94、95年之后，猛增到3000元以上。基础教育学费也水涨船高，即便是欠发达地区，一年的学杂费也开始向千元　　看齐。一般农村家庭，多有2个孩子，若两个孩子都上学，那么一年两个孩子　　的教育和生活开支便至少需3000元以上。
　　
　　医疗高收费也是致贫要因。不过农村人命贱，生病少，看病也少，因病致贫者一般属少数。但教育支出，却属于经常性支出，而且若从小学到大学计，长达十几年之多，在高收费教育政策下，不贫困实属咄咄怪事。
　　
　　必须的经常性的消费（教育消费）高收费，农民自然没钱；税制改革之后，农村政府也没钱，农村政府没钱了自然又要从农民身上用费税来筹集，于是农民更加没钱……大家都没钱，没有积累，也没有发展。