当你问一位科学家他所采取的科学方法是什么的时候，他马上会显露出一种十分严肃的表情，再加上一丝飘忽不定的眼神，表情之所以严肃，是因为他觉得他必须表明自己的见解；而眼神之所以飘忽不定，是因为他正在琢磨如何来掩饰自己毫无见解可言的事实。——彼得·梅达沃
大多数科学家都自称为还原论者。那么还原论的思想到底是怎么被确立的呢？
如果把世界看作是一个关系场，那么我们经验所能直接感觉到的客观实在就是这个关系场中的一个个节点。而每一个节点本身又是一个子关系场，构成这个子关系场的则又是一个个更加细小的有内在联系的节点，如此反复推演下去，则世界便可被理解为一个由一层层关系网络所构成的等级体系。这就是由关系实在论所演绎出的世界图景：世界是个组织！构成这个组织的要素至少有两个：节点和节点之间的关系。如果允许我们把每一个节点称为关系者（由关系实在论这样称呼是完全有理由的），那么，前面的两个要素便变为：关系与关系者。
切断该网络中各节点之间的连线，取消节点作为关系者的资格，将每个节点看作是与其它节点毫无关系的单独实体，并且认为只要将每一个节点研究清楚了，世界作为实体之间的无必然内在联系的实体的松散集合也就自然变得可理解了，这种思想自近代以来便一直统治着西方的自然哲学思想与科学研究方法。这就是著名的还原论思想。“它对观察到的或推理出来的过程不断地追溯到其最小单元，并用因果的相互作用来解释它们。这种做法尽管对获得孤立事件的详尽知识起重要作用，但可能对理解特定现象具有决定性意义的较大的相互关联却不加考虑。”虽然这种还原论思想可追溯到古希腊时期，如巴门尼德的“原子说”，但真正对近代思想起决定性作用的思想，则是近代物质实体概念的确立。
提到近代物质实体概念的确立，不得不提到勒奈.笛卡儿（1596—1650）。自亚里士多德以来，在有关物质概念的演化史上，笛卡儿是一个最关键的人物。他认为物质的唯一本质属性就是广延，因此有广延就有物质，物质充满了整个空间，绝对的真空是没有的。这就否定了古代原子论派关于“原子”与“虚空”的学说。但是，当笛卡儿说“物质是广延”时，并不意味着这两个概念是同一的。在他看来“物质”首先是思想的对立物，因为思想是没有广延的，不占空间的。广延的东西则不能思想，因此精神实体和物质实体是彼此完全独立的，不能由一个决定另一个。这是一种典型的被称为“笛卡儿分割”的二元论。物质作为一种独立的实体，不再是与“形式”互补的本原。在笛卡儿唯理主义哲学中，只有思想与广延存在着，而思想能充分把握广延，曾经阻碍亚里士多德圆满地解释宇宙的基本障碍，即消极的、表示缺陷来源的物质（质料）范畴被他轻易地排除了。这是物质概念史上的一个根本改变。
“笛卡儿分割”使科学家们可以把物质看作是无生气并与他们自己完全隔离的东西，把物质世界看作是由许多不同物体组成的一架巨大机器。牛顿也持有这种机械的宇宙观，根据这种宇宙观建立了他的力学，并使它成为经典物理学的基础。在17世纪下半叶到19世纪末，机械论的牛顿宇宙模型在所有的科学思想中都占据了统治地位。与此同时，一个至高无上的上帝即第一推动者君临于上，将他的神圣法则强加给世界，来主宰世界。于是，科学家们所探索的自然基本定律就被看作是上帝的法则，是万物所遵循的不变和永恒的法则。
物质不再是质料，它本身就是独立的、与精神有绝对差别的实体。于是，由阿那克西曼德等人的“无限定”发展而来的“原初质料”已完全无立锥之地。与此同时，亚里士多德的潜能与现实的对立统一也开始消失。只有“现实性”，而没有“可能性”；只有“实存”，而没有“潜存”；只有“有”，而没有“无”。所有的变化只有一种，那就是位置的变化，并且这种变化是唯一的、可逆的。由于精神与物质是独立的，因此存在着与观察者无关的纯客观性，于是这种变化在终极的意义上便又是可预测的。拉普拉斯说道：
“我们应当把宇宙的现状看作它先前状态的结果以及它的后继状态的原因。假定在某一时刻，有一种智慧能够把握自然界所有的力以及组成自然界的一切事物的特定状况——这种智慧博大精深足以对所掌握的资料进行分析——那么，它就将宇宙间从最庞大的物体到最微小的原子的运动全都囊括于同样的公式之中，对于它来说，没有什么是不确定的，未来，一如过去，都出现在它的眼前。”
这就是著名的拉普拉斯决定论。该决定论的确立可以说是“笛卡儿分割”的必然结果。“笛卡尔哲学在关于物质界的全部理论上，是严格的决定论。活的有机体完全和死物一样受物理定律支配；不再像亚里士多德哲学，需要有‘隐德来希’（entelechy）或灵魂来解释有机体的生长和动物的运动。”
当拿破仑问拉普拉斯，在你的分析力学中上帝的位置在哪里？拉普拉斯很自豪地说，我不需要这个假设。但是，上面的这段话，还是向我们表明了——
一个逻辑的上帝又一次出现了!